Pada 30 September 1965, sebuah kumpulan yang memanggil dirinya Gerakan 30 September membunuh enam jeneral tentera kanan, merampas kawalan sementara bahagian-bahagian pusat Jakarta dan mengeluarkan beberapa dekri ke atas Radio Republik Indonesia.[2] Suharto dan sekutu-sekutunya telah mengalahkan pergerakan itu dan dalam proses yang ditarik keluar selama enam bulan atau lebih, kedudukan rasmi Sukarno sebagai presiden negara perlahan-lahan tetapi terus berkembang. Tentera itu menuduh saingannya yang lama, Partai Komunis Indonesia (PKI), berada di belakang "percubaan kudeta" dan pembersihan anti-komunis berlaku. Beberapa bulan kemudian Suharto dan tentera merampas inisiatif tersebut. Semasa mesyuarat kabinet (yang Suharto tidak hadir), ketika demonstrasi pelajar yang dilindungi oleh tentera berlaku di Jakarta, tentera tanpa lekukan mengelilingi istana presiden di mana pertemuan itu diadakan. Ia kemudian berlaku bahawa ini adalah dari pasukan khas Angkatan Darat. Sukarno dinasihatkan untuk meninggalkan mesyuarat dan berbuat demikian, terbang ke istana presiden di Bogor, 60 km selatan Jakarta, dengan helikopter. Kemudian pada sebelah petang tiga jeneral tentera, Maj. Gen Basuki Rahmat, Menteri Hal Ehwal Veteran, Brig. Gen. M Jusuf, Menteri Industri Asas dan Brig. Jeneral Amirmachmud, Panglima Komando Kawasan Tentara V/Jaya Jakarta, mengunjungi Sukarno dan pergi dengan Supersemar yang ditandatangani yang kemudiannya diserahkan kepada Suharto. Keesokan harinya, Suharto menggunakan kuasa yang diberikan kepadanya untuk melarang PKI, dan pada 18 Mac, lima belas menteri setia Sukarno telah ditahan. [3][4][5]

Suharto mengubah komposisi Majlis Perundingan Rakyat Sementara (MPRS) dan setahun kemudian, pada Mac 1967, MPRS mengundi untuk membatalkan Sukarno dari kuasanya dan melantik presiden bertindak Suharto. Pada tahun 1968, MPRS mengeluarkan perkataan 'pemangku' dan lebih dua tahun selepas peristiwa September 1965 Suharto menjadi presiden Indonesia. Proses memindahkan presiden dari Sukarno ke Suharto telah mengambil alih masa dua tahun. Suharto kekal berkuasa sebagai presiden sehingga beliau meletak jawatan semasa krisis politik di Indonesia pada Mei 1998.